No 2013. gada nav skaidras ģenētiski modificētas pārtikas klasifikācijas, un dažādas klasifikācijas var veikt saskaņā ar dažādiem standartiem saskaņā ar praksi.
Atkarībā no tā, vai ģenētiski modificētā pārtika kā standartu satur ģenētiski modificētu avotu, to var iedalīt šādos trīs dažādos veidos:
(1) Ģenētiski modificēta pārtika, kas nesatur ģenētiski modificētu pārtiku, attiecas uz pārtiku, kas iegūta no ģenētiski modificētiem organismiem, bet paši produkti nesatur nevienu pārnestu gēnu.
(2) Ģenētiski modificēti pārtikas produkti satur ģenētiski modificētas sastāvdaļas, bet to īpašības pārstrādes laikā ir mainījušās, un pārnestie aktīvie gēni ģenētiski modificētā pārtikā vairs nepastāv.
(3) Ģenētiski modificēta pārtika satur aktīvos ģenētiskos komponentus. Pēc tam, kad cilvēki ēd šādus ģenētiski modificētus organismus vai pārtiku, pārnestie gēni un organismiem raksturīgie gēni ietekmēs cilvēka ķermeni.