Divdimensiju gēla elektroforēzes tehnoloģija un masspektrometrijas tehnoloģija šobrīd ir visplašāk izmantotās proteomikas izpētes metodes. Divdimensiju gēla elektroforēzes tehnoloģija izmanto olbaltumvielu izoelektrisko punktu un molekulmasas atšķirību, lai atšķirtu dažādus proteīnus. Lai gan ir grūti atšķirt zemas pārpilnības proteīnus ar divdimensiju gēla elektroforēzi, tai ir augstākas prasības darbībai, bet tās augstā caurlaidspēja, laba izšķirtspēja un reproducējamība, un tās īpašības, kombinējot ar masspektrometriju, padara to par populārākajām un uzticamākajām Proteomics pētniecības metodēm. Divdimensiju gēla elektroforēzes tehnoloģija un uz masspektrometriju balstītas proteomikas pētniecības procedūras ir paraugu sagatavošana→izoelektriska fokusēšana→poliakrilamīda gēla elektroforēze→gela iekrāsošana→→ Proteīnu plankumu noteikšana→ingela gremošanu→masa spektrometrijas analīze, lai noteiktu peptīdus Pirkstu nospiedumu vai daļēju aminoskābju sekvences→ izmantojiet datubāzi, lai noteiktu proteīnu. Proteomikas izpētei nepieciešama augstas izšķirtspējas proteīnu atdalīšana un precīzas un jutīgas masspektrometrijas identifikācijas metodes. Olbaltumvielu krāsošana gēla elektroforēzi ietekmē ne tikai olbaltumvielu atdalīšanas izšķirtspēju, bet arī turpmāko masspektrometrijas identifikāciju. Olbaltumvielu iekrāsošanu var iedalīt četrās kategorijās: organiskā reaģenta iekrāsošana, sudraba iekrāsošana, fluorescējoša iekrāsošanās un izotopu krāsošana.
Unlu et al. ierosināja fluorescences diferenciāļa displeja divdimensiju elektroforēzes (F-2D-DIGE) kvantitatīvās proteomikas analīzes metodi. Diferenciālā gēla elektroforēze (DIGE) ir 2-DE tehnisks uzlabojums. Tas apvieno vairāku fluorescences analīzes metodi. Tas atdala vairākus paraugus, kas marķēti ar atšķirīgu fluorescenci vienā gelā, un ievieš iekšējo Pamatkoncepciju. Proteīnus divos paraugos sajauc ar dažādām fluorescējošām etiķetēm, lai veiktu 2-DE, lai noteiktu proteīna ekspresiju divos paraugos, kas ievērojami uzlabo rezultātu precizitāti, ticamību un atkārtojamību. DIGE tehnoloģijā katram proteīna plankumam ir savs iekšējais standarts, un programmatūra var automātiski kalibrēt tā ekspresiju atbilstoši katras olbaltumvielu vietas iekšējam standartam, lai nodrošinātu, ka konstatētās olbaltumvielu daudzuma izmaiņas ir patiesas. DIGE tehnoloģija ir pielietota dažādos paraugos.