Fluorescences mikroskopam un parastajam mikroskopam ir šādas atšķirības
1. Apgaismojuma metode parasti ir epi-apgaismojums, tas ir, gaismas avotu uz parauga projicē caur objektīva lēcu;
2. Gaismas avots ir ultravioletā gaisma, viļņa garums ir īsāks, un izšķirtspēja ir augstāka nekā parastajiem mikroskopiem;
3. Ir divi īpaši filtri. Tas, kas atrodas gaismas avota priekšā, tiek izmantots redzamās gaismas filtrēšanai, un tas, kas atrodas starp okulāru un objektīva lēcu, tiek izmantots ultravioleto staru filtrēšanai, lai aizsargātu cilvēka acis.