Patogēns ir kolektīvs termins mikroorganismiem un parazītiem, kas var izraisīt slimības. Mikroorganismi veido lielāko daļu, ieskaitot vīrusus, hlamīdijas, riketsiju, mikoplazmu, baktērijas, spirohetus un sēnītes; parazīti galvenokārt ietver vienšūņus un tārpus. Patogēni ir parazītiskie organismi, un dabiskie saimnieki, kas parazitē, ir dzīvnieki, augi un cilvēki. Ir vairāk nekā 400 mikroorganismu veidu, kas var inficēt cilvēkus, un tie ir plaši sastopami cilvēka mutē, degunā, rīklē, gremošanas traktā, urogenitālā traktā un ādā.
Ikviens var būt inficēts ar vairāk nekā 150 patogēnu veidu savā dzīvē. Normālas cilvēka imūnsistēmas funkcijas apstākļos tie neizraisīs slimības, un daži pat ir labvēlīgi cilvēka ķermenim. Piemēram, zarnu flora (E. coli uc) var sintezēt vairākus vitamīnus. Šīs floras esamība var arī kavēt dažu patogēnāku baktēriju vairošanos, tāpēc šos mikroorganismus sauc par normālu mikrobiotu (normālu floru). Bet, kad organisma imunitāte ir samazināta, līdzsvars starp cilvēkiem un mikroorganismiem Ir Iznīcināts, normāla flora var izraisīt arī slimības, tāpēc tos sauc arī par nosacītiem patogēniem (nosacītiem patogēniem). Neatkarīgi no tā, vai ķermeni uzbrūk patogēns vai nē, no vienas puses, ir saistīts ar savu imunitāti, no otras puses, tas ir atkarīgs arī no patogēna patogenitātes un invāziju skaita. Parasti, jo lielāks skaits, jo lielāka ir slimības iespējamība. Jo īpaši patogēniem ar vājāku patogenitāti ir nepieciešams lielāks daudzums, lai izraisītu slimību. Daži mikroorganismi ir diezgan patogēni un var izraisīt slimības ar vieglām infekcijām, piemēram, mēri, bakām un trakumsērgu.