Tie, kas iebilst pret ģenētiski modificētu pārtiku, iesaista plašu interešu grupas, sākot no Greenpeace līdz lauksaimniekiem' asociācijas ar kristīgajām baznīcām utt. Viņu opozīcija ir koncentrēta trīs jomās:
Pirmkārt, ģenētiskā modifikācija ir pretrunā ar dabu un tāpēc ir kaitīga. Atbalstītāji atcirta, ka šodien' s kultūras vairs nav primitīvas šķirnes, pretējā gadījumā dārzeņiem, kurus cilvēki ēd, jābūt tādiem pašiem kā zālei, ko ēd dzīvnieki.
Otrkārt, vai pēc tam, kad augos ir ievadīti gēni ar rezistenci pret herbicīdiem vai toksiskas kaitēkļu iznīcināšanas funkcijas, vai to piedāvātā pārtika ir droša cilvēkiem? Atbildot uz to, atbalstītāji uzsvēra, ka līdz šim neviena kvalificēta pētniecības iestāde nav atradusi pierādījumus, ka ģenētiski modificēti pārtikas produkti kaitē cilvēku veselībai, taču to ilgtermiņa ietekmi var tikai secināt, un ir grūti iegūt visaptverošus pierādījumus, lai pārliecinātu cilvēkus.
Treškārt, vai ir iespējams, ka ģenētiski modificētu augu popularizēšana pārāk steidzami ietekmē lauksaimniecību un ekoloģisko vidi? Ģenētiski modificētu kultūru, kas ir izturīgas pret herbicīdiem, veicināšana var mudināt lauksaimniekus pārmērīgi lietot herbicīdus, tādējādi kaitējot vai pat izmirstot dažām ārpus galvenajām kultūrām. Daudzi lauksaimnieki jaunattīstības valstīs ir izmantojuši tādas galvenās kultūras kā papildu pārtiku vai barību. ASV Zivsaimniecības un savvaļas dzīvnieku pārvalde ir atklājusi, ka herbicīdu ietekme apdraud 74 augu sugas.