Tie, kas iebilst pret ģenētiski modificētu pārtiku, iesaista plašu interešu grupu loku, sākot no Greenpeace līdz lauksaimnieku asociācijām un kristiešu baznīcām, un tā tālāk. Viņu iebildumi ir koncentrēti trīs jomās:
Pirmkārt, ģenētiskā modifikācija ir pret dabu un tāpēc kaitīga. Atbalstītāji atkārto, ka šodienas kultūraugi vairs nav primitīvas šķirnes, pretējā gadījumā dārzeņiem, ko cilvēki ēd, jābūt tādam pašam kā zālei, ko dzīvnieki ēd.
Otrkārt, pēc tam, kad augos tiek ievadīti gēni ar herbicīdu rezistenci vai toksiskām kaitēkļu nogalināšanas funkcijām, vai pārtika, ko tie nodrošina, ir droša cilvēkiem? Reaģējot uz šo punktu, atbalstītāji uzsvēra, ka līdz šim neviena kvalificēta pētniecības iestāde nav atradusi pierādījumus tam, ka ģenētiski modificēta pārtika kaitē cilvēku veselībai, bet to ilgtermiņa ietekmi var tikai secināt, un ir grūti iegūt visaptverošus pierādījumus, lai pārliecinātu cilvēkus.
Treškārt, vai ir iespējams, ka ģenētiski modificētu augu veicināšana pārāk steigā ietekmē lauksaimniecību un ekoloģisko vidi? Tādu ģenētiski modificētu kultūraugu popularizēšana, kas ir rezistenti pret herbicīdiem, var mudināt lauksaimniekus pārāk daudz izmantot herbicīdus, izraisot dažu kultūraugu, kas nav galvenie kultūraugi, aizskaršanu vai pat izmiršanu. Daudzi lauksaimnieki jaunattīstības valstīs ir izmantojuši šādus kultūraugus, kas nav galvenie kultūraugi, kā papildu pārtiku vai kā barību. ASV Zivsaimniecības un savvaļas dzīvnieku pārvalde atklājusi, ka herbicīdi skāruši 74 augu sugas un tās ir apdraudētas.