Augstas izšķirtspējas šķidruma hromatogrāfija (HPLC)

Lai gan divdimensiju gēla elektroforēze (2-DE) ir plaši izmantota metode visa proteoma analīzei, tai ir ierobežojumi, piemēram, ierobežota atdalīšanas spēja, diskriminējoša iedarbība un sarežģītas darba procedūras. Bieži vien ir grūti iegūt apmierinošus rezultātus liela dinamiskā diapazona, maza daudzuma un hidrofobu proteīnu analīzei. Chong et al. izmantoja HPLC/masspektrometriju, lai salīdzinātu un analizētu pirmsvēža un vēža proteīnu diferenciālo ekspresiju. Proteīns tika atdalīts ar HPLC, un savāktās frakcijas tika identificētas ar MALDI- TOF- MS, lai proteīns tiktu kvantitatīvi analizēts divu veidu šūnu diferenciālajā ekspresē. Daudzdimensiju šķidruma hromatogrāfijai kā jauna veida atdalīšanas tehnoloģijai nav relatīvās molekulmasas un izoelektriskā punkta ierobežojuma. Apvienojot dažādus režīmus, tas novērš divdimensiju gēla elektroforēzes diskriminējošo efektu. Tam ir augstas maksimālās ietilpības un vieglas automatizācijas īpašības. Divdimensiju jonu apmaiņas reversās fāzes hromatogrāfija (2D-IEC-RPLC) ir proteomikas pētījumos visbiežāk izmantotā daudzdimensiju šķidruma hromatogrāfijas atdalīšanas sistēma.