Ir divi galvenie aspekti, viens ir strukturālā proteomika, bet otrs ir funkcionālā proteomika. Tās pētniecības robežas ir aptuveni sadalītas trīs jomās:
(1) Izveido proteomu vai subproteomu un tā proteomu saistviela organismiem vai audu šūnām, kas saistītas ar genoma vai transkriptomu datubāzi, tas ir, konsistīvo proteomiku.
(2) Veikt svarīgu fizioloģisku un patoloģisku sistēmu vai procesu lokālu proteomiku vai salīdzinošu proteomiku svarīgiem dzīves procesiem vai lielām cilvēka slimībām.
(3) Pētīt proteīnu mijiedarbību, izmantojot dažādas progresīvas tehnoloģijas, un kartēt noteiktas sistēmas proteīnus, tas ir, interaktīvo proteomiku, kas pazīstama arī kā "šūnu atlanta" proteomika.
Turklāt, padziļinoties proteomikas pētniecībai, ir parādījušies daži jauni pētniecības virzieni, piemēram, subcelulārā proteomika un kvantitatīvā proteomika. Proteomika ir svarīga sistēmu bioloģijas pētniecības metode.