Ir četri veidi, kā nanodaļiņas nonāk cilvēka organismā: ieelpošana, rīšana, absorbcija no ādas vai tīša injekcija (vai izdalīšanās no implantiem) medicīnisko procedūru laikā. Kad tie ir cilvēka ķermenī, viņiem ir augsta mobilitātes pakāpe. Dažos gadījumos viņi var pat šķērsot asins-smadzeņu barjeru.
Nanodaļiņu uzvedība orgānos joprojām ir liels pētāmais priekšmets. Būtībā nanodaļiņu uzvedība ir atkarīga no to lieluma, formas un mijiedarbības aktivitātes ar apkārtējiem audiem. Tie var izraisīt fāgu (šūnu, kas norij un iznīcina svešas vielas) "pārslodzi", kas var izraisīt aizsardzības drudzi un samazināt organisma imunitāti. Tie var uzkrāties orgānos, jo tie nevar lēnām noārdīties vai noārdīties. Vēl viena problēma ir to reakcijas potenciālās briesmas ar dažiem bioloģiskiem procesiem cilvēka organismā. Lielās virsmas platības dēļ nanodaļiņas, kas pakļautas audu un šķidrumu iedarbībai, nekavējoties adsorbē makromolekulas, ar ko tās saskaras. Tas ietekmēs, piemēram, fermentu un citu olbaltumvielu pielāgošanas mehānismu.